Antes da II Guerra Mundial, Estónia e Portugal já tinham celebrado um acordo comercial. Atualmente, existem sete acordos intergovernamentais entre Estónia e Portugal:
- Acordo sobre a Abolição do Visto Obrigatório;
- Acordo de Cooperação no Domínio do Turism;
- Acordo sobre o Transporte Internacional Rodoviário de Passageiros e Mercadorias;
- Acordo de Cooperação nos Domínios da Língua, Educação, Cultura, Ciência e Tecnologia, Juventude, Desportos e Média;
- Acordo sobre a Readmissão de Pessoas;
- Convenção para Evitar a Dupla Tributação e a Evasão Fiscal;
- Acordo entre a República da Estónia e a República Portuguesa sobre Protecção Mútua de Informação Classificada.